Действието започва по времето на Гражданската война в Северна Америка (1861-1865 г.), която Северът води срещу Юга за премахване на робството. Героите на романа, военнопленници на южняците, успяват да избягат от обсадения град Ричмонд с балон, който ги отнася на пуст остров в Тихия океан, наречен от тях на името на Линколн. Тук те си устройват жилище, но много по-съвършено от това на Робинзон. Благодарение на това, че единият от бегълците е инженер, те заживяват не като диваци, а като културни хора - добиват желязо, което обработват в стомана, приготвят си сапун, захар, построяват си кораб, електрически телеграф, обработват земя, отглеждат домашни животни и т.н. В романа се преплита и историята на капитан Немо, описана е неговата смърт в чудната му подводница. След много изпитания и приключения на тайствения остров, героите се завръщат щастливо в родината си.